W ramach Programu wyznaczone zostały obszary specjalnej ochrony ptaków (SOO) oraz obszary specjalnej ochrony siedlisk (SOS). W zasięgu terytorialnym nadleśnictwa znajdują się:

• „Dolina Miały" (PLH 300042), SOO – obszar specjalnej ochrony siedlisk o pow. 514,60 ha, usytuowana w obszarze wydmowym Puszczy Noteckiej na międzyrzeczu Warty i Noteci. Obszar wyróżnia się dużą różnorodnością siedlisk. Ostoja jest ważnym miejscem występowania zbiorowisk rzadkich i ginących na terenie Wielkopolski, w szczególności związanych z jeziorami i strefami podmokłymi torfowisk,
   
• „Dolina Noteci" (PLH 300004), SOO – obszar specjalnej ochrony siedlisk o pow.77,60 ha, w większości zajęty przez torfowiska niskie, pokryte zalewowymi łąkami i trzcinowiskami, z enklawami zakrzewień i zadrzewień. Obszar częściowo pokrywa się z ważną ostoją ptasią o randze europejskiej oraz ważnym korytarzem ekologicznym o randze międzynarodowej,
   
• "Nadnoteckie Łęgi", OSO – obszar specjalnej ochrony ptaków o pow. 77,60 ha, na którym występują co najmniej 23 gatunki ptaków wymienione w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Szczególne znaczenie mają populacje gatunków takich jak: podróżniczek, kulik wielki, bąk, bocian biały, dziwonia i derkacz. W okresie wędrówkowym gęś zbożowa osiąga koncentracje ponad 3000 osobników,
   
• „Puszcza Notecka" (PLB 300015), OSO – obszar specjalnej ochrony ptaków o pow. 18 557,01, stanowiący zwarty, jednolity kompleks leśny w międzyrzeczu Noteci i Warty. Puszcza Notecka to równina akumulacyjna w znacznym stopniu przekształcona przez wiatry, który usypały tu, największy w Polsce, zespół wydm śródlądowych, które pokryte są monokulturowym lasem sosnowym. Występuje co najmniej 30 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK).